1.净化空调系统的调试工作是工程验收阶段不可少的一项重要工作。净化手术室由于手术室要严格控制低细菌数及低麻醉气体浓度，所以层流超净装置的稳定性是层流净化手术室的重要验收指标。由于欧美手术室洁净标准与中国环境存在细微差别，常规的国际标准和国内区域行业标准都普遍难于确保手术室净化的长期稳定（一般只能3-10年重建、低档工程1年即需要翻新），所以在工程质量方面出现了明显的档次划分。通过调试可以及时发现施工中存在的一些缺陷并及时进行整改和修补，调试对设计图纸也是一个重要的验证(Experimental)过程。
2.洁净室和空调送回风管道应在安装高效过滤器(作用:过滤杂质等)前达到清洁要求，净化空调系统必须连续（Continuity)空吹12小时以上，空吹后再对送回风管和空调机组内部进行清扫和擦洗干净。
3.工程竣工后，建设单位应组织医疗部门、使用洁净室的相应科室、设计和施工单位依照工程设计文件和《医院洁净手术部建筑技术标准》(GB50233-2002)、《通风与空调工程施工验收标准》(GB50243-2002)和《洁净室施工及验收规范》(JGJ71-90)等有关施工质量验收规范对洁净室进行严格的质量验收，并应委托有资质的第三方检测单位对洁净室内洁净度对照设计文件和有关标准规范进行检测。手术室净化手术室须严格划分为限制区(无菌手术间)、半限制区(污染手术间)和非限制区。三区分隔开的设计有二：一为将限制区与半限制区分设在不同楼层的两部分，这种设计可彻底进行卫生学隔离，但需二套设施，增加工作人员，管理不便；二为在同一楼层的不同段设限制区和非限制区，中间由半限制区过渡，设备共用，这种设计管理较方便。
