手术室工作要有严格的工作流程，设备、物品相对固定。手术室净化高效安全的手术室空气净化系统，保证手术室的无菌环境，可以满足器官移植、心脏、血管、人工关节置换等手术所需的高度无菌环境。采用高效低毒消毒剂，以及合理使用，是保障一般手术室无菌环境的有力措施。为了控制（control)人员进出次数，应将与手术相关的各种物品如敷料包、器械包、补液架、踏板、器械台、显微镜及腹腔镜等器材放臵在固定手术间，由专人负责清洁巡查和管理。制定精密(precise)仪器（appliance）管理制度(Management system)，建立仪器档案(Archive)，严格使用人责任制，设立专人维修记录。手术结束后，由专人对仪器采用器械清洗液超声清洗，不宜高压灭菌（fungus)的仪器用2％戊二醛浸泡灭菌，所有手术器械由供应室负责接收清洗、检查维护。
手术室净化洁净区必须离手术台四边至少各1米的范围，非无菌（fungus)(意思:没有活菌)物品及设备不能放臵于洁净区内，麻醉（anesthesia)设备应采用无菌(意思:没有活菌)单与手术部位隔开。净化手术室由于手术室要严格控制低细菌数及低麻醉气体浓度，所以层流超净装置的稳定性是层流净化手术室的重要验收指标。由于欧美手术室洁净标准与中国环境存在细微差别，常规的国际标准和国内区域行业标准都普遍难于确保手术室净化的长期稳定（一般只能3-10年重建、低档工程1年即需要翻新），所以在工程质量方面出现了明显的档次划分。需反复使用的物品术后用1‰含氯消毒剂浸泡与"擦拭(cleanse) "，紫外线（Ultraviolet rays)灯照射1小时感染手术用过的物品用过氧(Oxygen)乙酸处理。特殊感染手术物品处理时应将废弃物焚烧；手术器械用2%过氧乙酸浸泡30分钟后高压灭菌；墙面、地面、推床、手术床用0.5%过氧乙酸擦拭，然后用甲醛(Formaldehyde)和高锰(manganese)酸钾(Potassium)熏蒸24小时后通风，连续（Continuity)3次培养无菌方可使用。
